La llegada de la Orden  Franciscana a Marchena,  condicionó indudablemente el nacimiento de la  Hermandad de la Vera Cruz en esta villa; por la  vinculación que los franciscanos tenían con todas aquellas hermandades de este nombre, como consecuencia de la fundación de la primera Hermandad en el convento de San Francisco de Sevilla en el siglo XV. A partir de entonces proliferaron por muchos pueblos estas Hermandades con la ayuda de los frailes, sobretodo en aquellos lugares donde la orden se estableció como ocurrió en Marchena.  Por esta razón la Historia de la Hermandad de la Vera Cruz de la villa de Marchena, se encuentra íntimamente ligada a los franciscanos, desde el momento mismo en que fue fundado el convento en el año 1530 por D. Diego Nuñez de Prado y de su esposa Dña. Juana Blázquez, ambos de la orden tercera franciscana. D. Francisco Rodríguez Santos, funda la Hermandad y Cofradía de la Santísima Vera Cruz siéndoles aprobadas las reglas por el Señor Provisor del Arzobispado de Sevilla el 7 de febrero de 1533, estableciéndose la Hermandad en capilla propia junto a la de la iglesia de dicho convento.

La Hermandad, según sus primitivas reglas compuestas por 17 capítulos, la formaban hermanos de luz y de sangre. Destacan entre los capítulos los dedicados a la ayuda a los hermanos necesitados, costeando ajuar para casar doncellas hijas de cofrades, se repartía pan y se socorría a viudas, también son de destacar aquellos capítulos referente a los enterramientos y sufragios para los hermanos fallecidos, y los referentes al orden y seriedad que debía llevar la cofradía en su estación de penitencia el Jueves Santo a las ocho de la noche.

En 1806 de acuerdo con las disposiciones dictadas por Carlos III y Carlos IV, La Hermandad presentó nuevas reglas ante el Real Consejo de Castilla. El 22 de febrero de 1808 se condicionó la aprobación de estas reglas a la fusión con la Sacramental de Animas que existía en iglesia de San Francisco.

Muchos son los privilegios que ostenta esta Hermandad, entre ellos los de Archicofradía y Sacramental y también muchas las indulgencias concedidas por el papa Pío IV en Bula de 29 de agosto de 1599, haciéndole participe de todos los jubileos gracias e indulgencias concedidos a la basílica de San Juan de Letrán en Roma, por ello la Hermandad en su capilla tiene construida la Santa Escala, a semejanza de la que existe en San Juan de Letrán. También los papas Gregorio XIII, Bonifacio IX, Inocencio IV, le conceden gracias e indulgencias.

Con la exclaustración y desamortización en el año 1835 se cierra el periodo de vinculación con los franciscanos. La desaparición de la Orden trajo consigo un total abandono de la iglesia del convento, por lo que la Hermandad solicitó licencia al Ayuntamiento y permiso al Arzobispado en marzo de 1846, para abrir una puerta a la calle y cerrar la que tenía acceso a la iglesia del convento. Puerta y fachada que en el año 1947 sufrió una notable modificación y mejora. La capilla en su interior no ha sufrido modificación alguna, salvo la perdida de un trozo de terreno ganado por la calle, por la construcción de la actual fachada, conservando, eso sí, su primitivo estilo gótico- mudéjar. La capilla tiene tres naves. La Central se cubre con techumbre a dos aguas existiendo aún parte del artesonado de artesa con simbología de estrellas de 8 puntas y recubierto con azulejos. Las naves laterales se abren a través de arcos ojivales, restos de la primitiva construcción.

El altar mayor es Churrigueresco construido en 1729, siendo rector D. Nicolás de la Cortina. Tiene tres calles las dos laterales en chaflán, en la central se encuentra la devota imagen del Cristo de la Vera Cruz magnífica talla en cedro atribuida a Roque Valduque siglo XVI.
La virgen de la Esperanza se encuentra en el lateral derecho y en el izquierdo San Juan Evangelista, ambas imágenes atribuidas a la Roldana.

En la nave de la izquierda, en el altar de San Juan de Letrán hay dos relieves de San Matías y Santa Bárbara obra de Gaspar del Aguila. En las paredes de la nave central hay dos lienzos de Juan Bautista de Amiens de 1589.

Los seglares tienen su parte activa en la vida y en la acción de la Iglesia, como participes del oficio de Cristo sacerdote, profeta y rey. Su acción dentro de las comunidades de la Iglesia es tan necesaria, que sin ella el propio apostolado de los pastores no pueden conseguir la mayoría de las veces plenamente sus efectos. Porque los seglares de verdadero espíritu apostólico, a la manera de aquellos varones y mujeres que ayudaban a Pablo en el Evangelio, suplen lo que falta a sus hermanos y confortan el espíritu así de los pastores como del restante pueblo fiel. Nutridos personalmente con la participación activa en la vida litúrgica de su comunidad, cumplen con solicitud su cometido en las obras apostólicas de la misma; devuelven a la iglesia a los que quizá andaban alejados; cooperan intensamente en la predicación de la Palabra de Dios, sobre todo con la instrucción catequética; con su competencia profesional dan mayor eficacia a la cura de almas y también a la administración de los bienes eclesiásticos.

La parroquia ofrece modelo clarísimo del apostolado comunitario, porque deduce a unidad todas las diversidades humanas que en ella se encuentran y las inserta en la universalidad de la Iglesia.

Acostúmbrense los seglares a trabajar en la parroquia íntimamente unidos con sus sacerdotes; a presentar a la comunidad de la Iglesia los problemas propios y del mundo y los asuntos que se refieren a la salvación de los hombres, para examinarlos y solucionarlos conjuntamente, y a colaborar según sus posibilidades en todas las iniciativas apostólicas y misioneras de su familia eclesiástica.

Cultiven sin cesar el sentido de diócesis, de la parroquia es como cédula, dispuestos siempre a consagrar también sus esfuerzos a las obras diocesanas, siguiendo la invitación de su Pastor. Más aún, para responder a las necesidades de las ciudades y de las regiones rurales no limiten su cooperación dentro de los limites de la parroquia o de la diócesis; procuren más bien extenderla a los campos parroquiales, diocesano, nacional o internacional, sobre todo porque el aumento diario de las emigraciones, el incremento de las relaciones sociales y la facilidad de las comunicaciones sociales no permiten que quede encerrada en Sí misma parte alguna de la sociedad. Vivan, por tanto preocupados por las necesidades del Pueblo de Dios disperso por toda la tierra.

Consideren, sobre todo, como propias las obras misioneras, prestándoles medios e incluso ayuda personal. Porque es un deber y un honor para el cristiano devolver a Dios parte de los bienes que de Él recibe (Apostolicam actuosi- tatem).

A esta sociedad de la Iglesia están incorporados plenamente quienes poseyendo el Espíritu de Cristo, aceptan la totalidad de su organización y todos los medios de salvación est00ablecidos en ella y en su cuerpo visible están unidos con Cristo, el cual la rige mediante el Sumo Pontífice y los Obispos, por los vínculos de la profesión de fe, de los sacramentos, del gobierno y comunión eclesiástica. No se salva sin embargo, aunque esté incorporado a la Iglesia, quien, no perseverando en la claridad permanece en el seno de la Iglesia “en cuerpo” más no en “corazón”. Pero no olviden todos los hijos de la Iglesia que su excelente condición no debe atribuirla a los méritos propios, sino a una gracia singular de Cristo, a la que, si no responden con pensamiento, palabra y obra, lejos de salvarse, serán juzgados con mayor severidad. (L. Gentiúm).

Todo en conjunto, y cada cual en particular, debe alimentar al mundo con frutos espirituales e infundirles aquel espíritu del que están animados aquellos pobres, mansos y pacíficos, a quienes el Señor, en el Evangelio, proclamó bienaventurados. En una palabra a lo que es alma en el cuerpo, esto ha de ser cristiano en el mundo. (Lumen gentíum).